Histoire

• Le programme a été lancé en 1982 par la Direction de la protection de la nature (devenue Direction de la nature et des paysages) du ministère de l'environnement, avec l'appui du Muséum national d'histoire naturelle ; Son objectif était de produire un inventaire, pour tout le territoire national, des zones de plus grand intérêt écologique, « essentiellement dans la perspective de fournir au ministère un outil d’aide à la décision »2.
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• Les inventaires naturalistes validés scientifiquement dans chaque région par le conseil scientifique régional du patrimoine naturel (CSRPN) puis nationalement par le Muséum national d'histoire naturelle constituent le cœur de l’Inventaire national du patrimoine naturel ;
• En 1984, l'inventaire gagne les DOM ;
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• 1987 : 1^re publication d'une brochure informative et de sensibilisation intitulée “ Notre Patrimoine Naturel ”, relative à l'inventaire, et accompagnée d’une carte au 1/250 000^e des ZNIEFF de la région (En 1995, 20 des 22 régions de métropole auront publié un tel document, mais d'autres atlas et cartes des ZNIEFF, cartes thématiques, fiches communales et plaquettes de vulgarisation seront publiées dans les régions ;
• En mars 1990 le Muséum National d'Histoire Naturelle fait un point sur l'inventaire lors d'un colloque intitulé “ les ZNIEFF, un virage à négocier, vers un réseau d’espaces naturels à gérer ”  ;
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• En 1991, il s'adapte au milieu marin, avec une première phase qui s'achève de 1988 à 1995.
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• En mai 1991, une circulaire aux Préfets de région, explicite la notion de ZNIEFF, indiquant les partenaires impliqués et précisant la portée “ juridique ” de l’inventaire ainsi que les modalités d'accès aux données. La circulaire conforte les ex-comités ZNIEFF en créant des Conseils Scientifiques Régionaux du Patrimoine Naturel (CSRPN) assistant les Préfets, sous l'égide des DIREN, pour contrôler et valider l'inventaire de chaque région.
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• En 1993, la Loi Paysage3 précise que « L’État peut décider l’élaboration d’inventaires locaux et régionaux du patrimoine faunistique et floristique. Les collectivités territoriales sont informées de cette élaboration. Ces inventaires sont étudiés sous la responsabilité scientifique du Muséum National d’Histoire Naturelle ».
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• En 1993, Ce sont les ZNIEFF qui permettent de produire l'inventaire préliminaire à la mise en œuvre de la Directive européenne n°92-43 concernant la conservation des habitats naturels et semi-naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, dite « Directive Habitats-Faune-Flore ».
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• Fin 1994, une phase de « modernisation de l'inventaire ZNIEFF » est lancée officiellement par la Direction de la nature et des paysages. On parle d'un inventaire « deuxième génération » ;
• 1995 : lancement d'une mise à jour des ZNIEFF, avec une méthode modernisée et affinée (suite à un séminaire de travail du comité National ZNIEFF et des partenaires nationaux et régionaux de l'inventaire, qui s'est déroulé à Paris le 15 novembre 1994) ;
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• En 1997 lIFEN et le Muséum national d'histoire naturelle ont conjointement produit à la demande du Ministère de l’environnement, un premier guide méthodologique précisant les définitions et coordonnant et harmonisant les approches régionales, alors encore disparates. L'apparition d'outils informatiques plus performants et moins coûteux a permis un traitement informatique facilitant l'harmonisation des inventaires régionaux essentiellement conduis par desbénévoles, sous l'égide des DRAE (Directions régionales de l'architecture et de l'environnement (devenues depuis DIREN, puis DREAL) ;
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• La loi du 27 février 2002 sur la démocratie de proximité crée l'inventaire national du patrimoine naturel qu'elle confie au Muséum (MNHN) 4et renforce les C.S.R.P.N. (Conseils scientifiques régionaux du patrimoine naturel), permettant notamment, dans certaines conditions, un accès à la propriété privée pour parfaire l'inventaire, alors même que l'Europe imposait également des inventaires plus précis dans le cadre de la Directive « habitats » ou de la Directive Eau (zones humides, bon état écologique…) ;
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• En 2004, sous l'impulsion du Muséum, la notion d'« espèce déterminante » prend une importance croissante, jusqu'à jouer un rôle majeur dans la nouvelle caractérisation des ZNIEFF (faite en croisant sur des bases scientifiques et biogéographiques des critères de rareté, de menace, de statut de protection, d'autochtonie et d'endémisme). La méthode de délimitation des périmètres est également affinée pour être « explicite et incontestable »2.